El F.B.C. Melgar fue fundado el 25 de marzo de 1915, por iniciativa de un grupo de jóvenes arequipeños reunidos en el entonces Parque Bolognesi, hoy Parque Duhamel. Ese día se reunieron los señores Lino Linares, Edilberto Gallegos, José Giraldez, Víctor Ballón, Genaro Ortiz, Luis Chacaltana, Ángel García, Ricardo López, Pedro Grados, Domingo Guillén, Fanastino Carpio, Carlos Black, Benjamín Vergaray, Mariano Laguna, Octavio Huerta, Juan de la Vega, y otros y decidieron crear el "Juventud Melgar" (meses después, en junio del mismo año cambiaría su nombre al actual) para la práctica del fútbol. El cual tuvo como primer escenario el histórico canchón de Santa Marta, convertido primero en la cárcel central de varones y hoy en el Palacio de Justicia (Corte Superior de Justicia).

Con "Juventud Melgar" empezó la etapa deportiva en la que el entusiasmo desbordante de sus fundadores se mezclaba con la práctica del mismo. Poco tiempo después, vinculando el nombre de Melgar con el deporte, apareció la segunda partida de bautismo "FBC Melgar" así como se hacía conocido, de esa misma manera la historia le guardaría un lugar en el fútbol peruano como simplemente el "Melgar". El club, tomó su nombre como homenaje de esa juventud, a su sacrificio patriótico y enseñanza para la posteridad. Quedando el nombre de Mariano al olvido y reemplazándolo deportivamente por el Foot Ball Club, solamente se nominó el apellido como canto deportivo y cívico a las virtudes y enseñanzas del poeta, que se proyecta en la historia a través del apellido de Melgar.5

Para el año de 1964 el club rojinegro, se proclamaría campeón del torneo, con un actuación deslumbrante del cuadro rojinegro, un cuadro que contaba con figuras resaltantes del fútbol Arequipeño, respaldados con un buen entrenador, Alberto Ugarte. En ese torneo participaron equipos tradicionales de Arequipa como el FBC Pierola y el FBC Aurora.

Domingo 6 de febrero de 1966, estadio Melgar, partido internacional del FBC MELGAR enfrentando al poderosisimo FC SANTOS con Pele a la cabeza el partido termino empatado a un gol por lado EDUARDO PATATO MARQUEZ para los rojinegros empato Toninho. Ese día miles de aficionados arequipeños no lo podrán olvidar porque vieron a Pele en Arequipa enfrentando al rojinegro.

2:50 de la tarde, hace su aparición el santos con el capìtan Zito a la cabeza, luego el golero Claudio, Mauro, Lima, Orlando, Geraldino, Salamao, del Vecchio, Pepe, Dorval y finalmente Pele; que fue asediado por fotografos y jugadores rojiengros.
Samuel Delgado Vera, fue el encargado de dirigir el partido, suena el pito y Patato Marquez da el puntapie inicial, Oscar "Pajarito" Torresse equivoca en una jugada, la toma Pepe la cede a del Vecchio y este solo frente al golero Rigoberto Delgado se pierde una excelente oportunidad, transcurren los minutos en los que Pele demuestra sus cualidades (por algo venia de ser bicampeon mundial), minuto 5 Patato con una hábil jugada descuenta a Mauro, saca el patadon y HUUUUUUUU su disparo pega en vertical derecho cuando Claudio ya estaba vencido (este leon sabe dar sarpasos). Melgar sigue atacando sin tener en cuenta a quien se enfrenta, en base a un juego rápido y vertical, ante la satisfacción del público characato que veia como el rojinegro le jugaba de igual a igual al poderoso santos de Pele, justamente este junto a Dorval, del Vecchio y Salamao creaban zozobra en el área rojinegra pero sin poder concretar; al promediar el minuto 25 del primer tiempo, Pele anota un buen gol de cabeza que fue anulado por foul previo, Melgar se salvaba, 10 minutos despues Oscar Márquez ejecuta un buen pase para su hermano y Patato se va... se va... y ante la auforia colectiva en el estadio Melgar anota limpiamente en el arco brasileño. el público eloquesido no escatima en aplausos a lso rojinegros que derrocahn energía y se enseñoreaban en el campo.

Ataca Pele... pero allí se encuentra con el gran capitan Armando Palacios, no importaba si el rey iba por derecha o izquierda siempre encontraba al gran capitan, sino Helard delgado estaba presto para auxiliarlo, complementado por J.J. Vizcarra (padre del gordo de cmd) y Eduardo Avila Gárate. fin del primer tiempo Melgar vence parcialmente al Santos.
en el segundo tiempo, Santos sale a jugarse el todo por el todo, buscando anotarle a Delgado y demostrar porque es considerado uno de los  mejores equipos del mundo. A los 13 minutos con disparo rasante Toninho (recien ingresado), finalmente logra batir el arco rojinegro, el partido transcurrio intensamente, en los minutos finales la tensión se apodero del IV Centenario, santos atacaba con todo su arsenal pero Melgar respondia a la altura con mucha garra y vergüenza deportiva finalmente el arbitro pita el final el público se levanta para ovacionar a ambos equipos, pero en el aficionado mistiano queda un sabor de boca dulce.

En 1966, el FBC Melgar fue invitado por la Asociación de Fútbol Peruano para intervenir en el primer Campeonato de Fútbol Descentralizado. El equipo del FBC Melgar debutó en ese campeonato Descentralizado en la Ciudad de Lima frente al Defensor Lima, el recordado equipo de los "carasucias de Breña". El resultado final de ese partido fue de un gol a cero favorable al equipo rojinegro del FBC Melgar, gol anotado por el centro delantero arequipeño Pedro Huamán.

Debut en la Primera División

Para ésta participación el equipo rojinegro contó como entrenador al ya fallecido Gilberto Dos Santos y su plantilla la formaban los siguientes jugadores: Rolando Farfán Gonzales (arquero), Carlos Bermejo Cárdenas, Armando Palacios Escalante (capitán), Elard Delgado Tapia y Alfredo Salinas Urday (defensas); Eduardo Ávila Gárate, y Manuel "Donal" Ponce (mediocampistas) Raúl Ruiz, Eduardo "Patato" Márquez Obando, Pedro Huamán y Hugo "Gusano" Paredes (delanteros). También alternaron durante el campeonato los jugadores: Martínez (Arquero), Raúl Rossel Ochoa, Jaime Soto Castro, Raul Cuadros Rodríguez, José Cuadros Rodríguez, Oscar Márquez Obando, Julio Cossio, Jaime Pizelli y los jugadores brasileños Puglia y Oliveira.

Al final de ese campeonato, el equipo ocupó la octava posición de un total de 14 equipos, y debido a las bases del campeonato tuvo que descender.

El día 8 de mayo de 1971 el club FBC Melgar, necesitaba de solo un empate o un triunfo para adjudicarse la Copa Perú, y convertirse en el primer equipo Arequipeño en ganarla. Era la quinta edición de este torneo nacional. Enfrentó al Colegio Nacional de Iquitos, todo se estaba cuesta arriba cuando el club iquiteño adelantó en el marcador a los 45 minutos del primer tiempo, pero el FBC Melgar logra el empate al minuto 43 del segundo tiempo con tanto de Luis Ponce Arroé; y con este tanto la Copa Perú fue para el club Melgar y para la ciudad de Arequipa, logrando así su ascenso a la Primera División Peruana, del cual ha permanecido hasta la actualidad.

Equipo Campeón Arqueros: Rolando Farfán, José Valderrama. Defensas: Carlos Bermejo, Hernán Paredes, Armando Palacios, Francisco Maldonado (Chuchampas), Elard Delgado, Delfín Delgado, Alfredo Salinas, Julio Chávez. Volantes: Luis Ponce Arroé, Miguel Moreno, Eusebio Leyva, Enrique Ramírez, César Ticona, Guillermo Fuentes. Delanteros: Raúl Ruiz, José Risco, Raúl Rossell, Ruffo Férnandez, Eduardo Márquez y Emilio Barra.

Entrenador: Walter Milera Calero(Ex-jugador del Sport Boys del Callao). Presidente del Club: Javier Chirinos Stein.

En el año de 1981 tras un excelente campeonato del cuadro arequipeño, dejando en el camino a grandes escuadras como Alianza Lima y Universitario.

En el partido contra Alianza Lima en 1981, encuentro clave para obtener el título, el equipo rojinegro ganó con un golazo de Genaro Neyra y un autogol. En el segundo tiempo, el equipo blanquiazul marcó un gol de Freddy Ravello pero Ernesto "chivo" Neyra con un taponazo decretó el 3-1 final.

El partido final fue con Sporting Cristal, que durante ese año cumplió una mala campaña, pero si ganaban ese día los melgarianos tendrían que ir a una disputa por el título contra Universitario, ya que los cremas vencieron a su similar de Unión Huaral por 3 a 1. Los rojinegros sólo necesitaba de un empate para lograr la corona. El partido se desarrolló en el Estadio Nacional de Lima ante 33,948 espectadores, que esperaban un triunfo de los rimenses, pero el encuentro finalizó en empate 1-1. Con esto, el título fue arequipeño, convirtiéndose así en el primer equipo del interior campeón de la Primera División del Perú, y fue además su primera clasificación a la Copa Libertadores de América.

En 1983 el Campeonato Descentralizado peruano contaba con 17 equipos profesionales, la forma del campeonato era así: se jugaban dos ruedas (ida y vuelta) al término de las cuales los 6 primeros equipos pasaban a una liguilla final de donde saldría el campeón y subcampeón y por consiguiente clasificaban a la Copa Libertadores de 1984. Los 3 primeros equipos clasificados recibían puntos de bonificación de acuerdo a su posición en la tabla; es decir, el 1° recibía 3 puntos, el 2° 2 puntos y el 3° 1 punto.

En la liguilla final (jugada integramente en Lima) al termino de la tercera fecha, al MELGAR le bastaba un punto y clasificaba a la Copa Libertadores. ¿Cuál era el siguiente partido? nada más que frente a la "u". La penúltima fecha de la liguilla tuvo resultados claves: Cristal y Melgar cerraron, en números, su clasificación a la Libertadores y quedaron como únicos aspirantes al título nacional. Pero, esa noche, los rojinegros solo pudieron empatar 3-3 contra la ‘U’; los rimenses, en cambio, vencieron a Torino por 3-2 con goles de Caballero, Boné y Pedrito. Nuestras opciones de campeonar eran sólo matemáticas, ya que después de la "U" nos tocaba enfrentar al Cristal...

De esta forma, Cristal llegó a la última fecha con un punto de ventaja sobre su rival, Melgar: un empate le bastaba para dar la vuelta. Pero aquel 21 de diciembre de 1983, el Cristal de Cubilla ganó. A los 18’, Hirano puso el 1-0 y tres minutos más tarde llegó un gol histórico: de penal, Héctor Chumpitaz venció a Emilio Campana y anotó el último gol oficial de su carrera. Oswaldo Flores liquidó todo antes del descanso. Genaro Neyra descontó en el complemento, pero en el minuto final Hirano estableció cifras definitivas: 4-1 y vuelta olímpica.

¿Por qué crearon esta liguilla para determinar al campeón?

¿Por qué se jugó sólo en Lima?

La respuesta es lógica: la liguilla fue creada justamente para evitar que sucediera lo del 81 cuando campeonó MELGAR; es decir, si no creaban esta "bendita" liguilla el MELGAR hubiese sido campeón por segunda vez en 3 años; la liguilla sólo se jugó en Lima; para favorecer a los equipos capitalinos y tengan mayores opciones de campeonar... mejor lo dejo ahí, y continuemos revisando la historia.

El año de 1998, tras quedar empatado en puntos con Universitario y ante el rechazo de éste de participar el en partido de definición, el equipo arequipeño disputa la Copa Conmebol 1998.18 Jugaron contra la Liga de Quito de Ecuador donde se perdió los partidos de ida y vuelta por el mismo marcador en los dos (1-3), siendo eliminados de dicho torneo.

En la temporada 2014 el equipo fue dirigido por Miguel Miranda, arrancando su pretemporada en enero con un equipo renovado y gran cantidad de refuerzos, manteniendo el primer lugar del torneo por casi 10 fechas, finalmente el equipo logró acabar primero en el acumulado empatando con la reserva del club Universitario, definiendo al campeón en un partido extra jugado en Tacna donde se coronó Campeón del Torneo tras golear por cuatro goles a cero al equipo crema.

Para el año siguiente, el del Centenario, algunos jugadores partieron a los equipos de Universitario y Alianza Lima, el equipo de reserva cambió de técnico nombrando a Gerardo Calero como nuevo encargado logrando ganar el Torneo Apertura de Reservas y ubicándose al final del torneo en el Primer lugar del acumulado ganando su derecho a Participar en la Copa Libertadores Sub-20.

Para el Torneo Apertura el equipo logró corregir algunas de sus deficiencias, sin embargo tres empates en condición de local terminaron relegando al equipo a la segunda ubicación del campeonato, a tan solo un punto del ganador del apertura Sporting Cristal, sumado a la pronta eliminación de la Copa Sudamericana, hicieron peligrar el objetivo de salir campeones en el año del centenario.

La última oportunidad fue el Torneo Clausura donde tras un inicio irregular cediendo puntos en Huancayo y Lima; el retorno de Bernardo Cuesta, quien sería determinante a fin de año, potenció al equipo en la delantera encadenando una racha de 11 partidos sin perder. Logrando forzar un partido extra contra el Real Garcilaso al cual derrotaron en definición por penales logrando así el Campeonato Clausura y la Clasificación al Play Off.

Ya en el Play Off, el equipo se volvió a cruzar con el elenco cusqueño al cual vencieron en ambos partidos llegando tras 34 años a una final otra vez, el rival de la final fue, una vez más, el Sporting Cristal limeño con el cual se empató en la capital. En el partido de vuelta, jugado en Arequipa ante más de 30 000 espectadores, el cuadro Rojinegro volvió a coronarse campeón nacional tras un gol de Bernardo Cuesta sobre el final en su tierra y ante su hinchada.

Terminando la campaña como el equipo con la defensa menos batida y la segunda delantera mas goleadora así como el mejor local del torneo al quedar invicto cada vez que le tocaba jugar en Arequipa.

Debido a la Rotación impuesta por el técnico Juan Máximo Reynoso, el plantel podía subdividirse en dos equipos para afrontar partidos de visita y de local, priorizando la defensa y el ataque según convenga en cada partido. Esto permitió la consolidación de nuevos valores como Aléxis Arias, Gustavo Torres, Aurelio Gonzáles-Vigil y Patricio Arce.

Así mismo durante el año se logró vencer a rivales internacionales como el argentino Vélez Sarfield (Copa del Centenario) y el colombiano Junior de Barranquilla (Copa Sudamericana).

El dominó quedó en segundo lugar de la Copa Movistar trás empatar 0-0 con Sporting Cristal en el partido de vuelta realizado en el Estadio Nacional. 

Cabe resaltar que FBC Melgar no cayó derrotado en ninguna de las 2 instancias que se jugaron por el Campeonato del Torneo.

El amor por estos colores nunca cambiará, el fútbol da revanchas y el próximo año volveremos por el objetivo. #SiempreContigoMelgar ¡Ahora a pensar en la Libertadores!

🔴⚫ ¡AREQUIPA CAMPEÓN! 🔴⚫ Juntos lo logramos rojinegro, tu aliento a lo largo del campeonato fue primordial. #SiempreContigoMelgar

Tras un reñido partido contra la Universidad San Martìn de Porres que terminò en empate, nos quedamos con el segundo torneo del año y gracias a un gol de Joao Villamarín

Para conseguir este título ganamos 9 de los 21 partidos que disputamos, además marcamos 21 goles durante el trayecto. 

Tras una larga y apretada campaña, nuestros leones obtuvieron 41 puntos, quedando en primer lugar del Torneo Apertura del 2022.

En total disputamos 18 partidos, de los cuales ganamos 13. Además anotamos 23 goles en cada partido que fue de infarto de inicio a fin.

En nuestra memoria queda la campaña 2022, donde luego de pasar tres rondas (primera fase, grupos y octavos de final), disputaremos los cuartos de final de la Conmebol Sudamericana, ¡Sigamos avanzado!

En un complicado grupo, superamos a Racing Club (Argentina), Cuiabá (Brasil) y River Plate (Uruguay). Posteriormente eliminamos a Deportivo Cali (Colombia) en los octavos de final, y a Inter de Porto Alegre (Brasil). Ahora nos enfrentamos a Independiente del Valle (Ecuador) en las semifinales de la Conmebol Sudamericana ¡VAMOS LEONES!

Después de disputar la semifinal de la Liga 1, vencimos a Sporting Cristal por 2-0 en el Monumental de la UNSA (Arequipa) y repetimos el marcador en el Estadio Nacional (Lima).

Esto no termina y aún tenemos la dura tarea de enfrentarnos a Alianza Lima en la última llave. Pör otro lado, aseguramos nuestra presencia en la Fase de Grupos de la Conmebol Libertadores 2023.

¡Vamos por más!